Caixa Medaka

A trama segue a Medaka Kurokami, un magnético e atractivo alumno da Academia Hakoniwa de primeiro ano que é elixido presidente do Consello de Estudantes co 98% dos votos. Ela aborda estas peticións ao seu xeito inadecuado e, con toda a axuda co seu amigo de infancia Zenkichi Hitoyoshi, crea unha caixa de suxestións. No espazo da narrativa, os lugares de liderado do consello estudantil distribúense por ela a outros alumnos como Mogana Kikaijima e Kouki Akune.

O Consello Estudantil aprende que o presidente da academia significa iniciar un traballo para experimentar poderosamente con alumnos de rutina, o Plan Flask, chamado Normals, para que os poidas converter en Anormais, que son persoas con poderes sobrehumanos. O Consello Estudantil entra en conflito con outros alumnos que participan no traballo e infíltrase no laboratorio secreto da escola.

Pouco despois, Misogi Kumagawa que quere substituír o Consello Estudantil por un dos seus propios Medaka desafía a un campionato o Consello Estudantil. Dos seus poderes, dous alumnos quedan selados despois da derrota de Kumagawa e completan o seu transporte á Academia Hakoniwa. Os dous adoitan ser máis fortes que os anormais e denomínanse "Non iguais". O seu líder, Anshin'in, ameaza con reiniciar o Plan Flask unha vez graduados en Medaka, levando aos seus sucesores a ser adestrados polo Consello Estudantil. Non obstante, a estratexia precisa de Anshin'in sería ter a condición de presidente do consello estudantil de Zenkichi usurpando Medaka. Zenkichi ten éxito e faino coa pretensión de mellorar a vida estudantil. Convence a Medaka para que permita o Plan Flask a aquelas persoas que non queren.

Asumida das súas responsabilidades como presidenta do Consello Estudantil, Medaka pronto participa nun campionato para determinar ao seu marido. Medaka convértese no gañador, optando por casar con Zenkichi despois de que ambos graden e entre por si mesma. Pouco despois, o íntimo amigo Hansode Shiranui de Zenkichi abandona a escola. Zenkichi e Medaka descubren que vai acabar sendo outra anfitrioa de Iihiko Shishime, un ser de 5000 anos. É derrotado por medaka e desaparece despois de deixar a lúa de chocar contra a Terra, simplemente para reaparecer a tempo para o servizo de fin de ano. Tras o seu regreso, asuma a posición do seu pai por diante do conglomerado da empresa da súa familia, o Grupo Kurokami, para despois regresar cando a nova presidenta e Medaka decidan abandonar a academia. Dez anos despois, Zenkichi, traballara no grupo Kurokami, converténdose nun traballador de alto nivel antes de reunirse con ela, xurando os dous que nunca máis se dividirían.