Negi Springfield, un mago de 10 anos, aspira a converterse nun "Magister Magi", un mago particular que, baixo o pretexto de operar baixo unha ONG, utiliza os seus poderes para axudar ás persoas comúns. Despois de graduarse na Merdiana Magic Academy de Gales, podería ser delegado no traballo de ensino de inglés na escola media, onde o seu curso de estudo consta de 31 fillas, cada unha delas moi particular á súa maneira de Mahora Academy. A mostra detalla as experiencias e o seu paso por Xapón mentres os axuda nos seus problemas, consegue a aprobación e o respecto dos seus alumnos e enfróntase a perigos máxicos tanto desde dentro como fóra da Academia Mahora. A principal relación de Negi é con Asuna Kagurazaka, compañeira de cuarto e a súa pupila, que inicialmente non lle gusta pero despois recoñéceo como amigo e convértese no seu compañeiro, aínda que todas as mulleres teñen a súa propia historia e personaxe. Tamén está a buscar ao seu pai que se chama o Mestre dos Mil.
Aínda que inicialmente parecía ser outra obra de comedia romántica con numerosos personaxes de bishōjo como Love Hina, o programa avanzou nunha mestura de romance, fantasía, terror, acción e comedia. Akamatsu dixo que particularmente quería facer algo "diferente" de Love Hina. O propio Negi é prepubescente, e varias das súas escenas con Asuna son variacións únicas da tendencia á "incómoda escena romántica" do manga de harén, desactivada inmediatamente e soamente tocada para rir. Ademais, moitas das nenas non son capaces de facelo sobre el nun sentido infantil, sen expectativas íntimas no lector [estudo que é único?]
Ao manter esta moda particular, o propio Negi é considerado outro dos protagonistas masculinos típicos do manga, así como unha comparación con Keitaro Urashima de Love Hina. É traballador, competente e trátase con amabilidade, pero debido ao seu aspecto e idade (moi por baixo da maioría dos seus alumnos), séntese totalmente ameazante e cústalle ser tomado en serio como profesor; varios dos seus alumnos manéxano coma un neno astuto, se non un compañeiro de xogos (ou xoguetes)
