A última orde comeza cando a nanotecnoloxía de Desty Nova resucita a Alita na cidade flotante de Tiphares. Os negros segredos da cidade están violentamente expostos, pero parece ser unha pequena parte dun mundo que é complicado. Indo ao espazo con novas e vellas empresas para aprender máis sobre o seu pasado esquecido e por igual, para buscar ao seu amigo perdido Lou Collins, Alita está atrapada nunha batalla interplanetaria entre as principais potencias do sistema solar que foi colonizado. No camiño, ela forma unha alianza con tres das réplicas de Alita que agora comezaron a crer por si mesmas, un superhacker desagradable e o propio Nova cando entra no torneo Zenith of Things (ZOTT), un concurso de loita que se celebra cada 10 anos. Incluíndo a forma na que a Terra apareceu dun impacto cataclísmico de inverno que acabou coa maioría do público ao longo da narración, móstrase máis historia sobre a ambientación de Battle Angel Alita que non fora divulgada na cadea anterior.
