En 2065, a Terra está no centro dunha guerra con alieníxenas de dimensións adicionais chamada Nova. As forzas armadas desenvolven e adestran a Pandoras, fillas que poden facer uso dun tecido xenético especial chamado Estigmas (Seikon) para amosar habilidades e sistemas de armas de combate sobrehumanas. Apoiando aos Pandoras hai socios masculinos chamados Limiters, que usan poderes particulares de "conxelación" para restrinxir a liberdade da súa competencia.
Calquera destes limitadores é Kazuya Aoi, cuxa defunta irmá era Pandora. Kazuya coñece a unha forte Pandora, Satellizer el Bridget, alcumada a Raíña Intocable, polo seu estilo calloso e a súa efofobia extrema mentres asistía á West Genetics Academy en Xapón. A pesar das advertencias dos seus compañeiros de escola para afastarse de Satellizer, Kazuya fai amizade e pide que sexa a súa Limitadora. Satellizer acepta asociarse con el, a pesar de que pronto cae nunha aventura amorosa chamada Rana Linchen, que cre que Kazuya é a súa alma xemelga despois de apoiala durante varias loitas contra opositores universitarios a cambiar de posición e curso. Cando os Novas atacan o seu colexio empregando Pandoras baixo o seu control para acceder ao laboratorio subterráneo da institución, a súa competencia queda afastada.
Satellizer e Kazuya únense a algúns alumnos de West Genetics nun laboratorio en Alaska, onde poden axudar xunto coa tarefa Evolution Pandora (E Pandora), permitindo ás mulleres normais que os transplantes de Estigmas se convertan en Pandoras. Cando un dos E Pandoras desconcerta, os outros emiten se os medicamentos da experimentación non son perigosos, senón que obedecen aos desexos da organización empresarial e do xestor. Ao descubrir que ata que sexan prescindibles, o E-Pandora Amelia Evans dirixe unha revolta que se intensifica en Nova Clash.
Kazuya aprende máis sobre os vínculos da súa familia coa Nova e coa Pandora. O avó de Kazuya, Gengo Aoi, atopou o mesmo traballo, que configura a Rana e Satellizer a un equipo único con mulleres chamadas Valquirias. Non obstante, ao longo da actividade de demostración con Nova deseñada a medida que é ficticia, os Pandoras experimentan delirios, así como o ficticio Novas convértese nunha lexión de 100 de Nova que decima a Xenética. Gengo contrarresta desatando ás lendarias Pandoras que son as tías de Kazuya. O esforzo de Chevalier por asasinar a Gengo empregando a varios condenados chamados os Busters, cando algúns dos Pandora lendarios pasan a ser letais Novas, pero a misión desmorónase.
