Baseado nun xogo popular otome, Hakuouki segue a Chizuru e Shinsengumi nunha realidade alternativa. Chizuru viaxa a Kioto en busca do seu pai desaparecido pero despois de estar involucrado nun incidente, acabou sendo intervida polo Shinsengumi onde coñece aos membros incluíndo os famosos Hijikata Toshizo e Okita Soshi. O pai de Chizuru estaba dirixindo investigacións gobernamentais para o fortalecemento de Shinsengumi e desenvolveu ochimizu. O ochimizu é unha fórmula que dá ao demo como forza e efectos de rexeneración, pero unha vez tomada, o usuario experimenta dor extrema e acabará converténdose nun monstro con fame de sangue.
No intento de defender a Chizuru, Hijikata toma ochimizu e aínda que a situación salvouse, agora está afectado pola enfermidade. Okita tamén está obrigado a tomar a fórmula cando a súa tuberculose lle impide defender a Chizuru e a si mesmo. Sentíndose responsable das súas accións, Chizuru debe loitar contra a súa sensación de desamparo e atopar o valor para apoiar a Shinsengumi.
