A historia de Kanon, ambientada en pleno inverno, refírese a un grupo de cinco nenas que están conectadas de novo co mesmo rapaz. Yuichi Aizawa, o principal protagonista, visitara a cidade onde transcorre a historia sete anos antes do comezo da historia.
Ao principio Yuichi está moi separado da cidade e dos seus habitantes. Antes do seu regreso, decídese que quedará co seu primo Nayuki Minase e a súa nai, Akiko. Despois da súa longa ausencia, Yuichi esqueceu case todo, agás pequenos detalles do sucedido sete anos antes e ten que ser lembrado do que deixou atrás.
O día despois do regreso de Yuichi, sae con Nayuki que o está amosando pola cidade. Nayuki lembra que ten que mercar cousas para cear e Yuichi é relutante en ir con ela, argumentando que podería perderse. Momentos despois de que Nayuki o deixara esperando na beirarrúa, unha estraña moza chamada Ayu Tsukimiya chúpalle sen apercibirse. Ao recuperarse, arráxao a unha cafetería próxima e confesa que roubou sen querer unha bolsa chea de taiyaki despois de que o vendedor a espantara accidentalmente antes de que tivese a oportunidade de pagar. Yuichi arrastra a Ayu de volta ao vendedor, ambos piden perdón polo problema e Ayu é perdoado. Deciden volver a atoparse outro día e Ayu escápase.
Yuichi non é consciente ao principio, pero outras tres rapazas que esquecera eran familiares con el. Ao longo da historia, ao coñecer os sobrenaturais da cidade, Yuichi recorda a cada nena e os acontecementos de hai sete anos na cidade cubertos de neve.
