A paz puido restituírse a Hoenn despois de que os esquemas dos males do equipo Aqua, o equipo Magma e máis tarde Guile Hideout quedasen detidos. Non obstante, cando se achegou unha nova crise, a Steve Stone non lle quedou máis remedio que solicitar a axuda de Ruby, Sapphire e Emerald unha vez máis. Que fixo necesario que os mozos adestradores aproveitasen os misteriosos poderes de Mega Evolution? ¿A crise estaba relacionada dalgún xeito cos estraños símbolos "omega" e "alfa" nunha pintura mural nunca vista de Groudon e Kyogre na cova do granito? Joseph Stone, pai de Steven e presidente da Devon Corporation, podería estar en algo importante cando viu o aparente signo "delta" na pintura ...
