Neste manga aparece Ryouga, un rapaz con forza sobrehumana que quere atopar ao seu pai desaparecido. A única pista que ten Ryouga é unha misteriosa figura nas nubes chamada "Arcades" que prometeu levalo ao seu pai unha vez que se fixera o suficientemente forte. A Ryouga únese Miruto, unha rapaza que traballa nunha organización que rastrexa aos villanos que usan Pokemon para as súas malas intencións e a Yappy, un xornalista que pretende expoñer todo o mal do mundo. A trama céntrase en torno a "Burst", a capacidade de usar cristais con Pokémon almacenados neles para transformarse en híbridos humanos-Pokémon. Ryouga's Burst é Zekrom, o mesmo que usaba o seu pai no pasado.
