En Tokio recoñecido como Shinto Teito no ano 2020, Minato Sahashi, de 19 anos, é moi intelixente, pero a causa da súa incapacidade para facer fronte á presión fallou dúas veces a proba de acceso á universidade.
Minato coñece a unha rapaza chamada Musubi, que realmente cae no ceo un día. Minato pronto entende que é unha "Sekirei" que o escolleu como o seu "Ashikabi", entre o críptico grupo de individuos que posúen a característica herdada que é capaz de crear un acordo - bicándose - cos Sekirei. Isto permítelles usar o seu poder total nos conflitos de eliminación con outros Sekirei e úneo a Sekirei. A batalla de Sekirei composta por 108 adorables nenas, mulleres furiosas e bishōnen, nun concurso chamado "Plan Sekirei" formado por Hiroto Minaka, o presidente e fundador da misteriosa e poderosa MBI Corporation.
Minato non tarda en decatarse de que ser cónxuxe dunha muller non é todo divertido e xogos, sobre todo cando outros Sekirei o escollen formando un acordo con el, como o seu Ashikabi. Agora, Minato debería descubrir un método para sobrevivir aos conflitos que ameazan a vida do Plan Sekirei e á intensa competencia dos seus compañeiros por el.
Os sekirei son seres superpotentes que usan outro código igual que o dunha persoa. A nave espacial Sekirei estrelouse na Terra en 1999 na illa Kamikura e foi descuberta por dous alumnos, Hiroto Minaka (presidente potencial do MBI) e Takami Sahashi (investigador potencial do MBI e nai do Minato). A bordo, a parella descubrira 108 formas de vida, explicadas como "Un piar e 107 aves crías".
