No ano 2032, a Terra sofre unha repentina invasión por parte de forzas alieníxenas. Pasaron dezaseis anos despois dese suceso e co caos que gobernou o mundo, o único xeito de rescatar o mundo da destrución absoluta é sobrevivir e loitar contra os que forzan a Terra a unha completa aniquilación.
Black Rock Shooter (no xogo unha "arma viva" designada co nome BRS), ten a responsabilidade de protexer á humanidade, que ten as habilidades para loitar contra os invasores como arma definitiva. Ela sae das ruínas de San Francisco e é testemuña dunha gran cantidade de tropas sobreviventes que se converten no seu apoio durante toda a súa misión.
